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基于结构的药物设计

靶蛋白的三维结构,特别是结合配体的三维结构,是指导药物研发的宝贵信息来源。亚搏手机版app下载多种基于结构的药物设计工具,辅以ligand-based方法,可用于新化合物的设计和优化。

  • Sygnature与峰值蛋白质使我们能够为缺乏结构信息的目标代表客户生成蛋白质结构并获得x射线晶体学数据,并阐明具有代表性的引线的结合模式,以驱动基于结构的优化。
  • 我们在为任何缺乏结构数据且难以结晶的目标生成基于相关蛋白质的同源模型方面有丰富的经验。
  • 我们的专家计算团队分析所有可用的结构信息,并分享结果和三维可视化工具与药物化学团队鼓励创意的产生和改进复合设计。
  • 考虑到蛋白质的灵活性,采用灵活的配体对接和4D对接,优先考虑设计思路,并使用3D全交互配体编辑器在结合位点进行配体优化。
  • 一系列的现代技术被用来评估和排序绑定位姿的亲和力和稳定性,包括短轨迹MD模拟,MM/PBSA和网格自由能计算。
  • 我们可以应用水分评估技术来识别结合位点上溶剂热力学的有利和不利区域。基于对水结构的理解,将极性官能团引入先导化合物,通常可以提高化合物的物理性质以及药性和特异性。

我们热衷于收购和使用尖端工具来推进药物发现,并一直在寻找提高我们能力的方法。亚搏手机版app下载因此,我们开始与一个领先的学术专家合作自由能微扰(聚全氟乙丙烯)计算。作为这项持续工作的一部分,我们正在研究影响蛋白质配体结合自由能估算准确性的因素。在最近一项研究中,我们强调了初始晶体结构对结果的自由能预测的影响,并强调了运行fep时罕见事件采样和长时间尺度动力学的重要性。我们目前正在努力寻找计算解决方案,以提高预测精度。

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